A pesar de ser uno de los monumentos incaicos más importantes, todavía es muy poco lo que se conoce de Machu Picchu. Aún quedan muchas interrogantes que probablemente jamás obtengan respuesta alguna.

Por un lado, debido a su estratégica localización podría haber desempeñado una función militar, un bastión de defensa, una línea de contención contra posibles levantamientos de los "antis" o nativos de esa región o un puesto de avanzada hacia la conquista de la selva o Antisuyo.

También se cree que fue lugar predilecto de descanso del Inca, o santuario mayor erigido en honor al inca Pachacutec, quien salvó a los cuzqueños de la invasión Chanca. O, como surge del descubrimiento de un cementerio exclusivo de mujeres, morada secreta de las acllas o vírgenes reales dedicadas al culto y al servicio del Inca.

Pero, nada hay concreto en torno a su función. Ninguna crónica del siglo XVI habla de ella. Todas son apenas hipótesis y suposiciones. Desde que se supo de su existencia, Machu Picchu no ha dejado de ser un verdadero enigma arqueológico. Su descubrimiento sólo abrió un misterio más para las ciencias arqueológicas.